O acervo do Museu das Missões é composto por um total de 92 objetos, abrigando uma das mais importantes coleções públicas de esculturas sacras missioneiras em madeira policromada da América do Sul e uma das coleções mais importantes nesse gênero.

Desde 1938, João Hugo retirava da guarda de comunidades e famílias da região peças que tinham relação com a história de ocupação missional, amparado no Decreto-Lei nº 2.077, de 1940, que criava o Museu das Missões, tendo como uma das finalidades:

“(…) reunir e conservar as obras de arte de valor histórico relacionados com os Sete Povos das Missões Orientais, fundados pela Companhia de Jesus naquela região do País”. (Decreto-Lei nº 2.077)

São oitenta e cinco esculturas sacras de tamanhos que variam entre dezessete centímetros e dois metros de altura. A imaginária que integra  o acervo foi recolhida na região, em sua maioria, por João Hugo Machado, primeiro zelador do museu, retiradas das antigas reduções pela população local. Encontravam-se em locais de culto doméstico ou em pequenas capelas comunitárias.

O Barroco Missioneiro

Quando analisadas por historiadores de arte, a imaginária missioneira é identificada como parte do movimento artístico do Barroco. O Barroco Missioneiro tem características peculiares em relação ao movimento Barroco em geral, considerando que o Barroco Missioneiro surge e se desenvolve dentro de um isolamento  das populações das reduções e na necessidade de catequização, fatores que determinam a sua diferenciação e originalidade artística.

Além de esculturas do barroco missioneiro, o acervo é formado também por artefatos de metais como sinos e bigorna e demais esculturas religiosas em arenito.